ระหว่างผ่าตัดจะไม่เจ็บเพราะมีการฉีดยาชา หลังยาชาหมดฤทธิ์อาจมีอาการปวดหรือบวมได้ ซึ่งสามารถควบคุมได้ด้วยยาแก้ปวดที่ทันตแพทย์สั่ง อาการบวมจะมากที่สุดในช่วง 2-3 วันแรก และจะค่อยๆ ยุบลง ควรหลีกเลี่ยงการใช้งานฟันซี่นั้นและรับประทานอาหารอ่อนๆ ในช่วงสัปดาห์แรก

การผ่าตัดปลายรากฟันมีอัตราความสำเร็จสูง >50% เมื่อใช้งานนาน 9 ปี  อาจถึง 85-97% ซึ่งแตกต่างไปตามการศึกษาแต่ละแหล่ง ความล้มเหลวอาจเกิดจากรากฟันแตกจากการใช้งาน ไม่ใช่เกิดจากการทำหัตถการผ่าตัดปลายรากฟัน ถ้าทำโดยผู้เชี่ยวชาญที่มีความชำนาญเฉพาะร่วมกับการใช้กล้อง Microscope หากการรักษาเป็นไปได้ด้วยดีและผู้ป่วยดูแลสุขภาพช่องปากอย่างสม่ำเสมอ ฟันซี่นั้นสามารถอยู่ใช้งานได้ต่อไปอีกหลายปี หรือเทียบเท่าฟันปกติซี่อื่นๆ

โดยหลักการแล้วสามารถทำได้กับฟันทุกซี่ แต่จะเหมาะสมที่สุดกับฟันหน้าและฟันกรามน้อยที่เข้าถึงได้ง่าย สำหรับฟันกรามใหญ่ล่าง อาจทำได้ยากกว่าเนื่องจากอยู่ใกล้เส้นประสาท หรือฟันกรามใหญ่บนรากฝั่งด้านเพดานด้านในจะมีมุมในการทำงานที่เข้าถึงปลายรากฟันได้ยากมาก ทันตแพทย์จะเป็นผู้ประเมินความเหมาะสมเป็นรายกรณีไป

เช่นเดียวกับการผ่าตัดทั่วไป มีความเสี่ยงเล็กน้อย เช่น อาการบวม, เลือดออก, การติดเชื้อ หรืออาจเกิดอาการชาชั่วคราวบริเวณริมฝีปากหรือคางหากทำในฟันกรามล่าง อย่างไรก็ตาม การรักษากับทันตแพทย์เฉพาะทางและใช้เทคโนโลยีที่ทันสมัยจะช่วยลดความเสี่ยงเหล่านี้ได้อย่างมาก

การรักษารากฟันปกติจะทำความสะอาดคลองรากฟันจาก "ด้านบน" ผ่านตัวฟันลงไป ส่วนการผ่าตัดปลายรากฟันจะเป็นการเข้าถึงและแก้ไขปัญหาจาก "ด้านล่าง" ที่ปลายรากโดยตรง มักทำในกรณีที่การรักษาจากด้านบนไม่สามารถแก้ปัญหาได้ทั้งหมด หรือไม่สามารถเข้าถึงปลายรากเพื่อกำจัดเชื้อโรคได้ เช่น มีการบูรณะด้วยเดือยฟันแล้ว และการรื้อจะเสี่ยงต่อรากแตกและต้องถอนฟัน เป็นต้น